奥宮御祭神大山積大神の御神徳ともいえるお二人の姫君をも合わせ祀っておりコノハナサクヤ姫は人類子孫繁栄の皇大神、イワナガ姫は不老不死の御力を持たれる命守之大神としてたたえ祀られております。
本殿には愛媛県日本総鎮守大山祇神社より西日本では最初に御分霊をいただきまつられております。